在群体基因组研究中，构建一个高质量、代表性强的参考基因组面板（reference panel）是提升基因型填充精度的关键。牛和猪等经济动物已分别建立标准化参考资源，有效推动了数量性状位点（QTL）解析和候选基因识别的进展。相比之下，作为全球饲养量最大的家禽——鸡，此前尚缺乏一套覆盖广泛、样本充足、可支持多场景应用的高质量参考面板。

为填补这一空白，研究团队发起并构建了全球首个10万规模鸡参考面板项目——100K GCRP（Global Chicken Reference Panel）。第一阶段成果于2025年4月15日，在Genomics, Proteomics & Bioinformatics杂志在线发表，题为“GCRP: Integrated Global Chicken Reference Panel from 11,951 Chicken Genomes” 。

该研究由中国农业大学胡晓湘和王宇哲团队牵头，联合国内外多个单位合作完成，第一阶段成果构建了全球首个鸡类参考基因组资源库，有望为鸡种遗传变异图谱构建、人工选择研究和精准育种提供基础支撑。

在此项研究中，华大智造DNBSEQ-T7基因测序平台以及MGISP-960高通量自动化样本制备系统、MGISTP-7000分杯处理系统为项目组提供了从样本处理到基因测序的系统支持。畜禽全基因组选择通常面临着样本量巨大、成本要求苛刻等问题，华大智造一站式解决平台的业务模式恰好能够解决这一难题，华大智造超高通量基因测序仪匹配自动化产线，一方面能够在样本处理和建库通量上实现高通量、高效率、低成本，另一方面也大大降低了时间成本，进一步匹配畜禽育种的产业需求。

据了解，鸡的驯化历史可追溯至约8000年前，起源于分布在南亚和东南亚的原鸡（Gallus gallus）。原鸡不仅是首个完成全基因组测序的鸟类，也是最早被解码的脊椎动物基因组之一。目前，公共变异数据库（如 dbSNP v106）已收录约2343万个单核苷酸多态性位点（SNP）和240万个短插入/缺失变异（InDel），为鸡的基因组关联分析（GWAS）和功能基因挖掘提供了重要基础。

随着低深度测序（LCS）技术的发展，研究者得以在控制成本的同时实现大规模样本测序，弥补传统SNP芯片信息覆盖不足的局限，为基因组选择与精细化变异定位提供了新可能。

第一阶段成果采用低深度测序获得了 10104 份商品鸡样本，此外搜集了1847个高深度测序样本，构建了两个高质量子面板（CBP 与 CMP），系统评估了不同策略下的基因型填充性能，并在模拟与真实性状中展示了其在 GWAS 和因果变异定位中的优势。该资源库有望为鸡种遗传变异图谱构建、人工选择研究和精准育种提供基础支撑。

中国农业大学胡晓湘教授表示，最初应用低深度重测序技术时采用了进口测序平台，但经过测序实测数据的对比，华大智造测序仪的数据准确性和数据质量与进口仪器相当，并且华大智造测序仪的Duplication rate（重复序列率）明显低于进口平台，这将有助于得到更多的有效数据用于后续分析。

不仅如此，华大智造测序平台以更低成本能够释放更多测序潜力，成本与效率的“双突破”成为其在2018年切换为华大智造测序平台的重要初衷。大设施遗传系统已经形成了应用低深度重测序技术年处理100万样本的规模。华大智造不仅提供测序仪器，还提供一系列自动化设备配套，实现从提取建库到测序的全产业链闭环的生态系统。未来，还将依托于华大智造测序平台将这一技术推广到主要的猪鸡等经济动物家禽的育种企业。